主要危害叶鞘，也可危害叶片。严重时，可深入茎秆内部引起植株倒伏。在抽穗前如严重发生，可造成植株不能正常抽穗而出现“胎里死”；当菌丝蔓延至穗顶，可造成瘪谷，有时形成白穗，甚至引起植株枯死。

叶片上的病斑与叶鞘相似，但形状不规则。病情发展慢时，病斑外围褪黄；病情发展迅速时，病部暗绿色似开水烫过，叶片很快呈青枯或腐烂状。由于新叶片分蘖经叶鞘而出，当叶鞘受病时，就容易感染叶片或分蘖，所以病害常从植株下部向上部蔓延。在阴雨多湿的情况下，病部长出白色或灰白色的蛛丝状菌丝体。菌丝体匍匐于组织表面或攀缘于邻近植株之间，形成白色绒球状菌丝团，最后变成褐色坚硬菌核。菌核以少数菌丝缠结在病组织上，很易脱落。

纹枯病属高温高湿型病害。在适宜侵染发病的温度范围内，湿度越大，发病越重。田间小气候湿度为80%时，病害受到抑制；71%以下时病害停止发展。我国稻区广阔，地理、气候差异很大，此病的始病期和田间病情消长与当地气候密切相关。

一般平均气温稳定在22°C以上，水稻处于秧苗期或分蘖期即可发病。珠江三角洲在早稻苗期出现，长江流域则在早稻分蘖期，华北稻区在分蘖盛期，黑龙江省则在孕穗期前后出现始病期。决定水稻纹枯病流行的关键生态因素是雨湿，其中以降雨量、雨日、湿度（雾、露）为最重要。雨日多，相对湿度大，发病重；反之，发病轻。当稻田郁闭时，株间湿度常比大气湿度高，对病害发展就更有利。这些因素如与水稻易感的生育阶段孕穗期至抽穗期相吻合，病害流行程度就更严重。华南及长江中、下游稻区，常年雨量多集中在夏季，早稻纹枯病发病较重。晚稻如遇秋雨多、寒露风较不明显的年份，发病亦重。

1.清除菌源：在秧田或本田翻耕灌水耙平时，大多数菌核浮在水面，混杂在“浪渣”内，被风吹集到田角和田边，用布网或密簸箕等工具打捞“浪渣”并带出田外烧毁或深埋。不直接用病稻草和未腐熟的病草还田，铲除田边杂草，可减少菌源，减轻前期发病。

2.加强肥水管理：根据水稻的生育时期、天气、稻田水位高低、土壤性质、水利条件等情况，合理排灌，以水控病，彻底改变长期深灌高湿的环境，做到浅水发根、薄水养胎、湿润长穗，其中尤以分蘖末期至拔节前进行适时搁（晒）田、后期干干湿湿的排灌管理，降低株间湿度，促进稻株生长健壮，对控制纹枯病的危害效果显著。对深泥田、冷浸田和肥田宜重晒，对沙性田则应轻搁，对稻苗旺、封行早的稻田宜分次搁。氮、磷、钾要配合施用，做到农家肥与化肥，长效肥与速效肥相结合，切忌偏施氮肥和中、后期大量施用氮肥。

3.种植抗病品种：尽管目前尚未发现高抗和免疫的品种，但品种间抗性存在差异，在病情特别严重的地区可以种植一些中抗品种。此外，应积极利用现代分子生物学手段，创造抗病材料，将外源抗病基因导入水稻品种中。