小麦秆锈主要发生在叶鞘、茎秆和叶片基部，也为害叶片和穗部。夏孢子堆大，呈椭圆形，深褐色或褐黄色，排列不规则，散生，常连成大斑，成熟后孢子堆周围表皮撕裂翻起，秆锈菌夏孢子穿透力强可穿透叶片。小麦成熟时，在夏孢子堆及其附近出现黑色椭圆至长条形冬孢子堆，冬孢子堆为黑色，呈粉疱状，后表皮破裂，散出黑色粉末状物，即冬孢子。冬孢子萌发产生小孢子，小孢子为害转主寄主。三种锈病区别可用“条锈成行叶锈乱、秆锈是个大红斑”来形容。

小麦秆锈病主要发生在华东沿海、长江流域、南方冬麦区及东北、华北的内蒙古、西北春麦区。其病原菌为担子菌亚门的禾柄锈菌小麦变种(Puccinia graminis Pers. var. tritici Eriks et Henn.)。病菌夏孢子长椭圆形，单胞，表面有微刺突，深褐色。小麦秆锈病以夏孢子随气流传播，发病的最适温度18℃～25℃发病较晚，对湿度要求也较高，对晚播迟熟小麦威胁最大。

1. 小麦秆锈病防治以采用抗病品种为主，种植时要兼顾抗源的多样化和合理布局，或利用早熟避病品种。

2. 加强田间管理，注意消灭病原：一旦发现田间病叶，病窝，立即摘除处理，防止病菌扩大蔓延。

3.种子处理：小麦播种前，使用翠瑞爱尔稼拌种，每套组合产品兑水400~500毫升，混合均与配成母液，拌种包衣50~60斤小麦种子，即可机械包衣也可人工包衣，迅速搅拌均匀，充分晾干后即可播种。